Trong quá trình triển khai dự án, năm 2012, chủ đầu tư đã tuyển chọn tư vấn quốc tế là liên danh tư vấn IC (đứng đầu là tư vấn Đức) thực hiện các bước tiếp theo với mục đích rà soát và triển khai thiết kế chi tiết hơn so với thiết kế cơ sở. Thiết kế (FEED) này sẽ là cơ sở để tổ chức lựa chọn các nhà thầu thi công và cung cấp thiết bị dự án.

Tuy nhiên, trong quá trình thiết kế, tư vấn quốc tế phát hiện nhiều nội dung sai sót và chưa phù hợp dẫn đến phải điều chỉnh thiết kế cơ sở (tương tự quá trình thiết kế của tuyến đường sắt đô thị số 1, Bến Thành - Suối Tiên, trước đây).

Các nội dung được điều chỉnh gồm: điều chỉnh mặt bằng và nhà ga ngầm (tăng kích thước chiều dài nhà ga, tăng độ dày kết cấu); điều chỉnh kết cấu nhịp cầu cạn của đoạn tuyến đi trên cao; bổ sung kết cấu nhà ga ngầm kết nối với các dự án đường sắt đô thị khác.

Ngoài ra, việc cập nhật lại đơn giá cho các hạng mục xây lắp, đơn giá công nhân tăng so với thời điểm được duyệt năm 2010, chi phí dự phòng tăng, tỷ lệ trượt giá, thay đổi giá lãi vay, thay đổi cơ cấu vốn… dẫn đến tăng tổng mức đầu tư.

Theo dự án được duyệt, từ năm 2011-2013 thực hiện khảo sát và thiết kế kỹ thuật, giai đoạn 2014 - 2017 tổ chức thi công và đưa vào vận hành vào năm 2018.

Do việc lập lại tổng mức đầu tư và thiết kế cơ sở nên thời gian hoàn thành dự án được "ấn định" lại vào năm 2024. Trong đó, năm 2017-2018 sẽ tổ chức đấu thầu song song với điều chỉnh dự án, năm 2019 thực hiện khảo sát và thiết kế kỹ thuật, thời gian thi công là từ năm 2020-2023.

Tuyến Metro số 2 dài 11,2km, trong đó đoạn đi ngầm dài 9,2km, đoạn tuyến trên cao, chuyển tiếp và đường dẫn depot dài khoảng 2km. Tuyến có 9 ga ngầm, 1 ga trên cao và 1 depot.