Năm 2015,, Huỳnh Thánh Y và chồng thừa nhận đã đăng ký kết hôn từ năm 2007. Đến nay, cặp đôi đã có với nhau hai con trai. Nhiều năm qua, vì sức ép của truyền thông và công chúng, Huỳnh Thánh Y không tham gia đóng phim nhưng năm 2020, cô xuất hiện trở lại trong chương trình truyền hình thực tế "Tỷ tỷ đạp gió rẽ sóng" và đảm nhiệm vai phụ trong bộ phim "Bên Tóc Mai Không Phải Hải Đường Hồng" cùng Xa Thi Mạn và Huỳnh Hiểu Minh.