Tuy nhiên, việc vi phạm đã chấm dứt khi Ban lãnh đạo mới tiếp quản Vigecam.
Mọi việc bắt đầu từ Công văn số 181/CV-VTNN-KH ngày 4-7-2008 mà Vigecam báo cáo theo yêu cầu của Bộ Nông nghiệp và Phát triển Nông thôn (NN&PTNT) về tình hình góp vốn, giải thể chi nhánh tại Tp. Hồ Chí Minh và thành lập Công ty Cổ phần Vinacam. Theo Công văn này thì, Chi nhánh Tổng Công ty tại Tp. Hồ Chí Minh được thành lập vào năm 1997, là đơn vị hạch toán phụ thuộc và được giao quản lý trụ sở của Tổng Công ty tại 28 Mạc Đĩnh Chi (Tp. Hồ Chí Minh) và nhiều bất động sản khác. Tháng 4-2005, Vigecam có quyết định phê duyệt đề án thành lập Công ty Cổ phần Vinacam tại 28 Mạc Đĩnh Chi với vốn góp 12,5 tỷ đồng; bằng 36,76% vốn điều lệ. Nguồn vốn góp chính là các động sản và bất động sản gồm: Trụ sở chi nhánh tại 28 Mạc Đĩnh Chi có diện tích mặt bằng 207m2 xây dựng 7 tầng kiên cố, đưa vào sử dụng năm 2004; khu kho Tiền Giang có diện tích 4.372m2 và vườn cao su Phú Giáo (Bình Dương) với 45,5ha; trong đó có 32,14ha cây cao su.
Tháng 9-2005 và tháng 6-2006, ông Khánh đã ra các quyết định bán hết cổ phần cho Vinacam mà không xin ý kiến của Bộ chủ quản (theo quy định chỉ được bán sau 3 năm thành lập). Trong quá trình bán cổ phần này, 2 bên không tổ chức đấu giá theo quy định… có biểu hiện của việc làm thất thoát tài sản của Nhà nước. Như vậy, chỉ trong một thời gian ngắn, hầu như toàn bộ con người, tài sản của Vigecam tại chi nhánh Tp. Hồ Chí Minh đã biến thành của công ty cổ phần, tư nhân 100%.
Đại diện lãnh đạo Vigecam cho biết: Khi đánh giá trụ sở 28 Mạc Đĩnh Chi, Hội đồng đánh giá đã không tham khảo, so sánh giá thị trường thời điểm hiện tại khiến giá trị tòa nhà (cả nhà và đất) này bị sụt giảm nhiều.
Cũng chính từ Công văn 181, Thanh tra Bộ NN&PTNT đã có văn bản chuyển nội dung này cho Cơ quan Cảnh sát điều tra Bộ Công an (C37) khi đơn vị đang điều tra những sai phạm của ông Khánh. Tuy nhiên, vì thời hạn điều tra đã hết nên C37 có văn bản chuyển trả Công văn 181 cho Thanh tra Bộ NN&PTNT để tiến hành thanh tra. Đồng thời có văn bản khẳng định dấu hiệu sai phạm trong việc thanh lý hợp đồng thuê nhà 28 Mạc Đĩnh Chi gửi UBND Tp. Hồ Chí Minh. Tuy nhiên, cả hai cơ quan này không tiến hành thanh tra cũng như xử lý các sai phạm trên.
Khẳng định thêm về dấu hiệu sai phạm trong việc thành lập và bán hết cổ phần cho Vinacam (thời ông Khánh), đại diện lãnh đạo Vigecam cho biết: Khi đánh giá trụ sở 28 Mạc Đĩnh Chi, Hội đồng đánh giá đã không tham khảo, so sánh giá thị trường thời điểm hiện tại khiến giá trị tòa nhà (cả nhà và đất) này bị sụt giảm nhiều. Đối với vườn cao su Phú Giáo, Hội đồng đánh giá đã bỏ qua giá trị tài sản trên đất là 32,14ha cây cao su 15 tuổi đang trong thời kỳ khai thác (trị giá khoảng 6 tỷ đồng). Giá trị quyền sử dụng đất của vườn cao su này cũng bị xác định thấp hơn so với quy định hiện hành, ước tính thiệt hại khoảng 9 tỷ đồng (thay vì áp dụng khung giá đất tại thời điểm là năm 2004 thì lại áp giá năm 1999)...
Gần đây nhất, ngày 14-5-2012, Tổng Công ty Vật tư Nông nghiệp có Công văn số 135.CV/VTNN-HĐTV gửi Bộ NN&PTNT, Ban đổi mới Quản lý Doanh nghiệp báo cáo về việc góp vốn bằng tài sản của Vigecam để thành lập Vinacam. Theo đó thì việc tranh chấp chuyển nhượng cổ phần xảy ra đã lâu, kéo dài. Hơn nữa, Công văn số 432/VPCP-KNTN ngày 19-1-2010, Thủ tướng Nguyễn Tấn Dũng đã có ý kiến chỉ đạo: “Giao Bộ NN&PTNT chỉ đạo Vigecam kiểm điểm trách nhiệm cá nhân, tập thể trong việc quản lý phần vốn Nhà nước đầu tư vào doanh nghiệp khác và xử lý dứt điểm việc chuyển nhượng cổ phần của Vigecam tại Công ty CP Vật tư Vinacam”. Vì vậy, để xử lý dứt điểm việc này, Hội đồng thành viên Vigecam đề nghị Bộ NN&PTNT có văn bản chỉ đạo để Tổng Công ty thực hiện.
Theo Công lý