Về đời tư, trong quá khứ, Tom Cruise từng kết hôn với nữ diễn viên Katie Holmes, cặp đôi chia tay vào năm 2012 sau khi đã có với nhau một cô con gái tên là Suri. Hôn nhân của cặp đôi rạn nứt với lý do được cho là Katie Holmes không chấp nhận gia nhập hội thánh Scientology