Hơn 2km sông Ba đoạn qua xã Bình Ngọc (TPTuy Hòa) và xã Hòa Thành (huyện Đông Hòa, Phú Yên), nhưng đã có 11 đơn vị khai thác cát công suất lớn. Thêm vào đó, để thuận tiện trong việc khai thác, các doanh nghiệp trên thi nhau lập đường, ngăn sông... đe dọa dòng chảy và các công trình ven sông.